Исследование SARS—CoV-2
Свободные ресурсы облачного сегмента РИВС ОИЯИ используются для изучения вируса SARS-CoV-2 с помощью проекта Folding@home (F@h). Это проект распределенных вычислений, призванный помочь ученым разработать новые методы лечения различных заболеваний путем моделирования динамики белков. Это включает в себя сворачивание и движение белков и зависит от моделирования, запускаемого на персональных компьютерах добровольцев.
В марте 2020 года F@h запустила программу помощи исследователям во всем мире, которые работают над поиском лекарства и узнают больше о пандемии коронавируса. Первая волна проектов имитирует потенциально лекарственные белковые мишени вируса SARS-CoV-2 и родственного вируса SARS-CoV, о которых имеется значительно больше данных.
DIRAC, работающий в ОИЯИ, был настроен на выполнение задач Folding@home в течение недели после первоначальной идеи. Никаких дополнительных усилий от администраторов уже интегрированных облаков не потребовалось. Поскольку такая полезная нагрузка может использовать небольшие фрагменты простаивающих ресурсов, задания F@h позволяют повысить общую эффективность общих ресурсов.
F@h обнаружил новых антивирусных кандидатов в тестах на животных и опубликовал четыре статьи:
1) SARS-CoV-2 Simulations Go Exascale to Capture Spike Opening and Reveal Cryptic Pockets Across the Proteome,
2) SARS-CoV-2 Nsp16 activation mechanism and a cryptic pocket with pan-coronavirus antiviral potential,
3) The SARS-CoV-2 nucleocapsid protein is dynamic, disordered, and phase separates with RNA,
